科技活动周由科技部、中宣部、中国科协联合有关部门组织实施。通过科普工作联席会议商定，建立了科技活动周的组织体系。科技活动周的组织体系由科技活动周指导委员会、科技活动周组织委员会、科技活动周组织委员会办公室组成。

    科技活动周指导委员会由全国人大副委员长周光召任主任委员，两院院士王大珩、王大中、王绶琯、石元春、许智宏、林群、何祚庥、吴良镛、陆元久、殷瑞钰等十名为委员，指导科技活动周组委会的筹办工作，确立筹办原则及每年科技活动周的活动主题。2007年全国科技活动周的主题是“携手建设创新型国家”。

    科技活动周指导委员会由十九个科普工作联席会议成员单位组成，科技部为组长单位，中宣部、中国科协为副组长单位，成员单位包括中组部、国家发改委、教育部、财政部、人事部、文化部、国家计生委、国家税务总局、国家环保总局、国家广电总局、国家新闻出版署、国家旅游局、中国科学院、全国总工会、团中央、全国妇联等。负责科技活动周的筹办方案并组织实施。

    科技部活动周组织委员会办公室由科技部政策法规与体制改革司、中宣部宣教局、中国科协科普部组成，具体负责科技活动周组织委员会的日常工作。