大豆含有较高的油脂和蛋白，相比其他粮食更不容易储藏。需要长期储藏的大豆水分不得超过12.5%的安全水分标准，否则容易霉变。
新入库的大豆籽粒间水分不均匀，加之后熟作用，呼吸旺盛，大豆堆内湿热积聚较多。因此，大豆入库3～4周应及时通风，散湿散热，以确保储藏安全。在严冬季节将大豆进行冷冻，采用低温密闭储藏有利于保持大豆的品质。
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